Lưu Trữ Hóa Đơn Điện Tử: Thời Hạn Và Yêu Cầu

Lưu trữ Hóa đơn điện tử không chỉ là giữ lại một bản sao sau khi hóa đơn được phát hành. Doanh nghiệp còn phải xác định đúng thời hạn lưu trữ, bảo đảm dữ liệu được giữ nguyên và có thể tra cứu khi cần. Những yêu cầu này càng cần được rà soát khi Nghị định 254/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 01/07/2026, thay thế Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Nghị định 70/2025/NĐ-CP. Bài viết dưới đây làm rõ những nội dung doanh nghiệp cần lưu ý để chuẩn bị cho kỳ quyết toán năm 2026.

1. Thời hạn lưu trữ hóa đơn điện tử

Nghị định 254/2026/NĐ-CP không quy định riêng hóa đơn điện tử phải được lưu trữ trong bao lâu. Thay vào đó, điểm b khoản 1 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP yêu cầu việc bảo quản, lưu trữ hóa đơn chứng từ và chuyển đổi hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử đúng thời hạn thực hiện theo quy định của pháp luật về kế toán. Do đó, thời hạn lưu trữ hóa đơn được xác định theo khoản 5 Điều 41 Luật Kế toán.

1.1. Thời hạn lưu trữ tối thiểu 10 năm đối với hóa đơn ghi sổ 

Với phần lớn hóa đơn được doanh nghiệp dùng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính, thời hạn lưu trữ tối thiểu là 10 năm. Đây là nhóm chứng từ kế toán tại điểm b khoản 5 Điều 41 Luật Kế toán. Hóa đơn cũng được xác định là một loại chứng từ kế toán theo khoản 1 Điều 20 Luật Kế toán.

1.2. Các mức thời hạn khác theo Luật Kế toán

1.3. Quy định về thời điểm lưu trữ và xử lý hóa đơn hết hạn 

Tài liệu kế toán phải được đưa vào lưu trữ trong vòng 12 tháng kể từ ngày kết thúc kỳ kế toán năm hoặc kết thúc công việc kế toán căn cứ vào khoản 3 Điều 41 Luật Kế toán số 88/2015/QH13. Với doanh nghiệp áp dụng kỳ kế toán theo năm dương lịch, hóa đơn của năm 2026 phải được hoàn tất đưa vào lưu trữ chậm nhất vào ngày 31/12/2027.

Về việc tiêu hủy, Công văn 3164/TCT-CS ngày 23/7/2024 của Tổng cục Thuế cho phép tài liệu kế toán đã hết thời hạn lưu trữ được tiêu hủy theo quyết định của người đại diện theo pháp luật của đơn vị kế toán, nếu không có chỉ định khác của cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Ngược lại, việc hủy bỏ hoặc cố ý làm hư hỏng tài liệu kế toán trước khi hết thời hạn lưu trữ là hành vi bị nghiêm cấm theo khoản 4 Điều 13 Luật Kế toán.

Sau khi hết thời hạn lưu trữ, tài liệu kế toán không mặc nhiên được xóa hoặc tiêu hủy. Theo Điều 16 Nghị định 174/2016/NĐ-CP, tài liệu hết hạn lưu trữ chỉ được tiêu hủy theo quyết định của người đại diện theo pháp luật của đơn vị kế toán nếu không có chỉ định khác của cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Việc tiêu hủy còn phải thực hiện theo thủ tục tại Điều 17 Nghị định 174/2016/NĐ-CP, bao gồm thành lập Hội đồng tiêu hủy, kiểm kê và phân loại tài liệu, lập danh mục và biên bản tiêu hủy.

2. Yêu cầu lưu trữ theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP

2.1. Hai nguyên tắc bắt buộc

Khoản 1 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP đặt ra hai yêu cầu lưu trữ áp dụng cho mọi loại hóa đơn, chứng từ:

• Bảo đảm tính an toàn, bảo mật, toàn vẹn, đầy đủ, không bị thay đổi, sai lệch trong suốt thời gian lưu trữ.

• Lưu trữ đúng và đủ thời hạn theo quy định của pháp luật kế toán.

2.2. Lưu trữ dưới dạng thông điệp dữ liệu

Theo khoản 2 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, hóa đơn điện tử được bảo quản, lưu trữ dưới dạng thông điệp dữ liệu. Doanh nghiệp được tự lựa chọn hình thức lưu trữ phù hợp với đặc thù hoạt động và khả năng ứng dụng công nghệ, miễn là đáp ứng đủ điều kiện tại Điều 13 Luật Giao dịch điện tử. Nói cách khác, pháp luật không chỉ định phần mềm hay nơi lưu, mà đặt ra tiêu chuẩn đầu ra mà hệ thống lưu trữ phải đạt được.

2.3. Có thể in hoặc tra cứu hóa đơn khi cần 

Hóa đơn điện tử phải có khả năng in ra giấy hoặc tra cứu khi có yêu cầu theo khoản 2 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP. Điều này có nghĩa là trong suốt thời gian lưu trữ, doanh nghiệp cần bảo đảm dữ liệu hóa đơn vẫn có thể truy cập, tìm kiếm và cung cấp khi cần. Vì vậy, việc lưu trữ không chỉ là giữ lại tệp hóa đơn mà còn phải tổ chức dữ liệu sao cho có thể nhanh chóng tìm được hóa đơn theo các thông tin như số hóa đơn, thời gian lập hoặc mã đơn hàng.

2.4. Hóa đơn giấy còn tồn

Theo khoản 3 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, với hóa đơn do cơ quan thuế đặt in, chứng từ đặt in, tự in và hóa đơn chưa lập được bảo quản trong kho theo chế độ chứng từ có giá; hóa đơn đã lập trong đơn vị kế toán được lưu trữ theo quy định về chứng từ kế toán. Do hóa đơn đặt in của cơ quan thuế đã hết giá trị sử dụng từ 01/7/2026 (khoản 3 Điều 44 Nghị định 254/2026/NĐ-CP), phần việc chính của doanh nghiệp là lưu trữ đúng hạn các hóa đơn giấy đã lập trước thời điểm này.

3. Điều kiện lưu trữ hóa đơn điện tử hợp lệ

Điều 13 Luật Giao dịch điện tử và Điều 17, Điều 18 Luật Kế toán cùng đặt ra các điều kiện lưu trữ hóa đơn điện tử mà hệ thống của doanh nghiệp cần đáp ứng:

• Truy cập và sử dụng được: nội dung hóa đơn có thể mở, đọc và dùng để tham chiếu khi cần thiết trong suốt thời gian lưu trữ.

• Bảo toàn nội dung dữ liệu: Hóa đơn điện tử cần được lưu dưới dạng thông điệp dữ liệu và bảo đảm thông tin có thể truy cập, sử dụng để tham chiếu. Theo Điều 13 Luật Giao dịch điện tử 2023, dữ liệu có thể được lưu trong chính khuôn dạng được khởi tạo, gửi hoặc nhận, hoặc trong một khuôn dạng khác có khả năng thể hiện chính xác nội dung của thông điệp dữ liệu. Trong thực tế, doanh nghiệp nên ưu tiên lưu dữ liệu điện tử gốc và các thông tin cần thiết để kiểm tra tính toàn vẹn, nguồn gốc và trạng thái hóa đơn khi cần.

• Xác định được nguồn gốc: dữ liệu lưu trữ cho phép xác định nơi khởi tạo, nơi gửi, nơi nhận và thời điểm gửi, nhận hóa đơn.

• Bảo mật, chống truy cập trái phép: chứng từ điện tử phải được quản lý, kiểm tra chống xâm nhập, sao chép, đánh cắp hoặc sử dụng không đúng quy định (khoản 2 Điều 17 Luật Kế toán).

• Tra cứu được trong suốt thời hạn: trường hợp không in ra giấy, doanh nghiệp phải bảo đảm an toàn, bảo mật dữ liệu và khả năng tra cứu trong thời hạn lưu trữ (khoản 6 Điều 18 Luật Kế toán).

Một điểm doanh nghiệp thường bỏ sót khi lưu trữ hóa đơn điện tử là phải bảo đảm khuôn dạng gốc của hóa đơn. Chỉ lưu một bản PDF để đọc có thể chưa đủ cho nhu cầu xác minh dữ liệu hóa đơn sau này. Doanh nghiệp nên lưu cả dữ liệu điện tử đầy đủ do hệ thống hóa đơn cung cấp, cùng các thông tin phục vụ đối chiếu như chữ ký điện tử, mã của cơ quan thuế hoặc trạng thái truyền nhận trong trường hợp có áp dụng. Ngoài ra, PDF có thể được lưu thêm để thuận tiện tra cứu và in.

4. Rủi ro khi lưu trữ hóa đơn không đúng quy định

Doanh nghiệp nên lưu trữ hóa đơn trong nhiều năm, nên những sai sót trong quá trình lưu trữ có thể không được phát hiện ngay mà chỉ được nhận ra khi có kiểm tra hoặc thanh tra thuế. Một số rủi ro doanh nghiệp cần lưu ý gồm:

• Vi phạm hành vi bị nghiêm cấm: hủy bỏ hoặc làm hư hỏng tài liệu kế toán trước thời hạn lưu trữ bị cấm theo khoản 4 Điều 13 Luật Kế toán.

• Bị xử phạt vi phạm hành chính: hành vi làm mất, cháy, hỏng hóa đơn bị xử phạt theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP có hiệu lực từ 16/01/2026.

• Gánh nặng khôi phục chứng từ: khi tài liệu bị mất, doanh nghiệp phải lập biên bản, thông báo cơ quan có thẩm quyền, liên hệ đối tác để sao chụp hoặc xác nhận lại, thậm chí kiểm kê tài sản để lập lại chứng từ (Điều 42 Luật Kế toán).

• Thiếu căn cứ giải trình: hóa đơn đầu vào không còn hoặc không tra cứu được sẽ làm suy yếu căn cứ chứng minh chi phí và thuế giá trị gia tăng đầu vào khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình.

5. Ưu tiên lưu dữ liệu hóa đơn đầy đủ và bản thể hiện để tra cứu

Đặc thù của nhà bán hàng TMĐT là số lượng hóa đơn lớn, giá trị mỗi hóa đơn nhỏ và dữ liệu gốc nằm rải rác trên nhiều sàn. Một quy trình đáp ứng yêu cầu của Nghị định 254/2026/NĐ-CP nên gồm bốn bước sau.

5.1. Lưu đồng thời tệp XML và bản thể hiện PDF

Mỗi hóa đơn cần được lưu cả tệp XML gốc có chữ ký số và bản thể hiện PDF. Trong đó, tệp XML là căn cứ pháp lý còn bản PDF phục vụ việc đọc nhanh và in ra khi được yêu cầu.

5.2. Chủ động giữ bản sao

Doanh nghiệp nên lưu dữ liệu điện tử đầy đủ của hóa đơn do hệ thống cung cấp để phục vụ kiểm tra, xác minh và đối chiếu khi cần. Có thể lưu thêm bản thể hiện PDF để thuận tiện cho việc đọc, tìm kiếm hoặc in. Điều quan trọng là dữ liệu lưu trữ phải đáp ứng yêu cầu về tính toàn vẹn, khả năng truy cập và tra cứu trong suốt thời hạn lưu trữ theo Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP.

5.3. Gắn hóa đơn với dữ liệu đơn hàng

Đặt tên và gắn thẻ hóa đơn theo kỳ kế toán, sàn bán hàng và mã đơn hàng. Cách tổ chức này giúp đối chiếu nhanh giữa hóa đơn, báo cáo thanh toán của sàn và sổ kế toán, đồng thời đáp ứng yêu cầu tra cứu khi bị kiểm tra.

5.4. Phân quyền, sao lưu và kiểm tra định kỳ

Giới hạn quyền chỉnh sửa, xóa dữ liệu. Đồng thời, duy trì ít nhất một bản sao lưu tách biệt và định kỳ mở thử một số hóa đơn cũ để xác nhận dữ liệu vẫn đọc được. Đây là cách trực tiếp nhất để bảo đảm tính toàn vẹn và khả năng tra cứu trong suốt thời hạn lưu trữ.

Đồng hành cùng doanh nghiệp trong quản lý và lưu trữ hóa đơn

Việc lưu trữ hóa đơn điện tử không dừng lại ở thời điểm phát hành mà là nghĩa vụ kéo dài tối thiểu 10 năm, trong suốt thời gian đó doanh nghiệp cần bảo đảm hóa đơn được giữ nguyên khuôn dạng gốc và có thể tra cứu ngay khi có yêu cầu để đáp ứng yêu cầu tuân thủ.

Sliner đồng hành cùng nhà bán hàng TMĐT trên các sàn Amazon và Etsy xây dựng quy trình kế toán từ khâu lập hóa đơn, đối soát dữ liệu sàn đến lưu trữ chứng từ đúng quy định. Tìm hiểu dịch vụ Tự động hóa kế toán hoặc liên hệ Sliner để được rà soát quy trình lưu trữ hóa đơn hiện tại của doanh nghiệp.